Kirby đã sản xuất Everywhere at the End of Time tại một căn hộ ở Kraków bằng máy tính "được thiết kế đặc biệt để sản xuất âm nhạc". Kirby đã tạo ra nhiều bản nhạc cho giai đoạn đầu tiên hơn là trong toàn bộ lịch sử của nghệ danh. Các album được sản xuất một năm trước khi phát hành; Giai đoạn 3 bắt đầu phát triển vào tháng 9 năm 2016 và Giai đoạn 6 bắt đầu vào tháng 5 năm 2018.[1][53] Kirby tuyên bố rằng ba giai đoạn đầu có "sự khác biệt tinh tế nhưng quan trọng", thể hiện cùng một phong cách chung "dựa trên tâm trạng và nhận thức của một người có tình trạng này sẽ cảm thấy."[54] Kirby muốn quá trình master do Andreas "Lupo" Lubich thực hiện, để cho "âm thanh nhất quán trong suốt series". Chiến lược sáng tác xuyên suốt là sử dụng nhiều bản cover của các bài hát được lấy sample để liên kết các thông điệp cảm xúc cụ thể với mỗi bản nhạc. Thay vì mua các bản thu âm như khi sản xuất An Empty Bliss, Kirby đã tìm thấy hầu hết các bản sample trên mạng, nói rằng, "Bây giờ ta có thể tìm thấy mười phiên bản của một bài hát." Kirby lưu ý rằng Giai đoạn 1 lặp lại các đoạn ngắn của bài hát, trong khi Giai đoạn 2 sẽ để các sample phát hoàn toàn. Mô tả Giai đoạn 3 giống nhất với An Empty Bliss, Kirby cho biết các Giai đoạn 1–3 có thể được chơi xáo trộn trong khi vẫn gắn kết.[1] Giữa thời điểm phát hành Giai đoạn 3 và Giai đoạn 4, Kirby thông báo là đang "chuyển nhà và studio".[55]

Kirby tập trung sản xuất ba giai đoạn cuối cùng;[1][2][56] với mục tiêu là tạo ra "sự hỗn loạn có thể nghe được". Kirby nói thêm rằng, trong khi sản xuất Giai đoạn 4, anh ấy nhận ra rằng ba giai đoạn cuối cùng "phải được thực hiện với cách nhìn hậu-nhận thức." Giải thích về cái tên này, Kirby đặt tên chúng là "hậu-nhận thức" bởi vì chúng thể hiện một bệnh nhân không nhận thức được chứng rối loạn.[54] Kirby cho biết áp lực khi sản xuất ba giai đoạn cuối cùng, nói rằng, "Tôi sẽ hoàn thành một giai đoạn, master một giai đoạn khác, tất cả trong khi bắt đầu giai đoạn khác." Khi sáng tác giai đoạn thứ tư và thứ năm, Kirby tuyên bố mình sở hữu hơn 200 giờ âm nhạc và "biên soạn nó dựa trên tâm trạng".[56] Landon Bates của tạp chí The Believer đã ví Giai đoạn 4 với "Radio Music" (1956) của nhà soạn nhạc John Cage, Kirby đã trả lời rằng phong cách âm nhạc độc đáo của Cage — âm nhạc với các yếu tố ngẫu nhiên — đã truyền cảm hứng cho các giai đoạn sau.[54] Kirby cho biết Giai đoạn 5 là "một sự thay đổi khác biệt" so với Giai đoạn 4, viết rằng "nó không rõ ràng ngay lập tức nhưng là một triệu chứng quan trọng."[1] Theo Kirby, việc sản xuất giai đoạn cuối là khó nhất, do sự kỳ vọng của công chúng và "sức nặng của năm [giai đoạn] trước đó đổ dồn hết vào giai đoạn này."[54]